嵌入式主板设计改变缓慢，当涉及到外围接口。基于isa的接口(如PC/104-Plus)保留了下来，因为它支持传统板，而且设计外围板很容易，但未来的接口是PCI Express (PCIe)。虽然有许多PCIe子板选项，但Mini-PCIe形式因子为嵌入式主板提供了紧凑的扩展选项。
一个Mini-PCIe插槽在嵌入式主板上已经普遍存在了一段时间，但插槽的数量正在增加，因为开发人员正在寻找更多的方法来通过Mini-PCIe模块嵌入外围设备。这些通常可以取代占用更大空间和更大功率的旧主板的外围设备。x1 PCIe接口为高速外设提供了足够的带宽，多功能插座通常可以以mSATA模块的形式支持类似SATA的接口。